Совет молодых ученых является коллегиальным органом, ответственным за координацию деятельности молодых ученых. Главной задачей Совета является привлечение молодых ученых к решению вопросов развития науки и научного потенциала республики, для повышения эффективности решения проблем молодых ученых.
Молодыми учеными АО «НЦПДХ» признаются научные работники, стажеры-исследователи, резиденты, магистранты и докторанты, занимающиеся научно-исследовательской и практической деятельностью в области педиатрии и детской хирургии и смежных дисциплин, не достигшие 39 лет.
Координация работы молодых ученых возлагается на заместителя председателя правления по научно-клинической и инновационной деятельности.