При НЦПДХ имеется научно-медицинская библиотека (1934 г.), в которой  находятся 1 абонентский и читальный зал на 15 посадочных мест. Библиотека обслуживает профессорский состав, научных сотрудников, врачей, резидентов и интернов, а также студентов, медсестер и младший медицинский персонал.

В фонде библиотеки имеются книги по педиатрии, а также энциклопедии, словари и диссертационный фонд докторов и кандидатов медицинских наук, которые защитились в Диссертационном совете при НЦПиДХ. Библиотека оснащена интернетом.