Научный центр педиатрии и детской хирургии является одним из старейших институтов в Казахстане, который открыт 28 ноября 1932 года по решению ЦИК и Совнаркома КазАССР как НИИ охраны материнства и младенчества. Во главе института со времени его основания стояли ведущие специалисты и организаторы здравоохранения - Т.С.Лебединская (1932-1934гг.), Ю.А.Багданович (1935-1939гг.), Г.Г.Маковская и Ф.А. Курганская (1935-1939гг.), Н.Н.Грюнберг (1939-1941гг.), А.И.Розанова (1941-1943гг.), профессора И.Л.Стычинский (1944-1947гг.), А.И.Авенирова (1948-1951гг.), Х.Е.Мурзалиева (1951-1959гг.), А.Б.Бисенова (1959-1980гг.), академик К.С.Ормантаев (1980-1985гг. и 1993-2001гг.), А.К.Машкеев (1986-1992гг.), К.А.Мажибаев (2001-2005гг.), С.А.Диканбаева (2005-2008гг.), Е.А.Аязбеков (2008-2011гг.), С.Г.Нукушева (2011-2014гг.), Р.З.Боранбаева (2014-2022гг.). С августа 2022г. Председателям Правления Научного центра педиатрии и детской хирургии является к.м.н. А.З.Кусаинов. Институт с начала образования проводит активную научную и организационно-методическую работу по созданию и становлению службы охраны здоровья матери и ребенка в Казахстане. Организуются экспедиции «красных юрт» в отдаленные районы республики, где создаются первые детские ясли и «родильные хаты». Сотрудниками института были получены первые научные и статистические данные о состоянии здоровья женщин и детей в Казахстане. Одной из острых проблем, стоявших перед институтом в тридцатые годы была борьба с «летними детскими поносами» - основной причиной младенческой смертности. Ведущее место в деятельности института занимала подготовка медицинских кадров для быстро расширяющейся сети учреждений охраны материнства и детства: краевых инструкторов по охране материнства и детства, акушерок, патронажных сестер и работников детских яслей. Научные работники института тех лет занимались изучением структуры детской заболеваемости и смертности в Казахстане, разработкой вопросов профилактики и лечения желудочно-кишечных заболеваний, пневмонии и воспитания детей раннего возраста, изучение физического развития детей.

            В военные и послевоенные годы и во время освоения целинных земель деятельность института была целиком подчинена решению неотложных проблем охраны материнства и детства, выдвинутых суровыми условиями времени.

            Научные исследования были посвящены профилактике и ликвидации кишечной инфекции, пневмонии, ревматизма, рахита, ликвидации полиомелита, туберкулезного менингита, снижению мертворождаемости, материнской и детской смертности.

            В 1972 году Постановлением Совета Министров Казахской ССР институт был переименован в Научно-исследовательский институт педиатрии Министерства здравоохранения Казахской ССР. Акушерско-гинекологический отдел был выделен в самостоятельный Научно-исследовательский институт акушерства и гинекологии. Созданы отделы детского питания и социальной педиатрии. Число коек увеличилось до 200.

            Проведенная реорганизация позволила значительно расширить круг изучаемых вопросов, повысить качество проводимых научных исследований, усилить работу по подготовке на базе института квалифицированных кадров.

            К началу 80-х годов сотрудниками института было защищено более 70 кандидатских и 4 докторских диссертации.

            За большие достижения в области охраны здоровья детей институт 6 января 1983 года первым среди институтов награжден Орденом Дружбы народов.

            В 1994 году Постановлением Кабинета Министров Республики Казахстан № 672 Научно-исследовательский институт педиатрии преобразован в Научный центр педиатрии и детской хирургии Министерства здравоохранения Республики Казахстан.

            В 1992 г. при Институте организован специализированный совет по защите кандидатских и докторских диссертации, с 1993 года осуществляются защиты диссертаций по детской хирургии. Всего было защищено 52 докторских и 269 кандидатских диссертаций.

            С 1995 года при НЦ педиатрии и детской хирургии Минздрава РК и ОО «Союз педиатров» Казахстана, издается Республиканский научно-практический журнал «Педиатрия және бала хирургиясы», основанный академиком НАН РК К.С.Ормантаевым. Будучи первым профессиональным изданием для детских врачей страны, журнал стал для них доступным печатным информационным источником новых знаний, текущей хроникой, отражающей содержание и динамику развития науки в области педиатрии и детской хирургии, а также проблемы развития охраны здоровья детей в Казахстане.

            В 2002 году приказом Министерства здравоохранения Республики Казахстан «Научный центр педиатрии и детской хирургии» Министерства здравоохранения Республики Казахстан определен головным методическим, научно-практическим и консультативным центром по педиатрической службе республики, включая детскую хирургию.

            В настоящее время НЦПДХ представляет крупный педиатрический многопрофильный научно-клинический центр, с мощной материально-технической базой и высококвалифицированными специалистами, с возможностью оказания медицинской помощи по новейшим инновационным технологиям в области педиатрии и детской хирургии. В Центре работают 800 сотрудников, 177 врачей, в том числе 8 докторов медицинских наук, 2 Phd доктора, 1 кандидат биологических наук и 28 кандидата медицинских наук. Основными направлениями деятельности НЦПДХ являются: научно-исследовательская деятельность, оказание высокоспециализированной медицинской помощи детскому населению, внедрение инновационных технологий, организационно-методическая работа, повышение квалификации врачей и научных кадров.

            Научно-исследовательскую работу в разные годы возглавляли Н.А.Барлыбаева, А.К.Машкеев, Б.Ж.Тастанбеков, К.О.Омарова, А.С.Тыныбеков, А.С. Аюбаев, З.Д.Душимова, М.Н.Шарипова. В настоящее время должность заместителя Председателя Правления по научно-клинической и инновационной деятельности занимает кандидат медицинских наук Л.Н.Манжуова.

            Центр располагает собственной клиникой на 285 коек, где лечатся ежегодно более шести тысяч детей со всех регионов Казахстана в возрасте от 1 дня до 18 лет. Эту службу возглавляли А.Т.Крылова, Г.А.Сафина, С.И.Бурибаева, Ж.К.Секенова, И.П.Морозова, Р.З.Боранбаева, А.С.Имамбетова, А.Б.Шейнберг. Сегодня этим ответственным разделом руководят Руководители блоков по педиатрии к.м.н. Г.К.Абдилова и по хирургии к.м.н К.Э.Хаиров. 

          Важным направлением деятельности Центра является стратегическое развитие и экономика. Возглавляет его Заместитель Председателя Правления по стратегическим и финансово-экономическим вопросам М.Б.Ташенов.

            Научный центр педиатрии и детской хирургии имеет 31 структурных подразделений: приемное отделение, отделения детской онкологии и гематологии (5), отделение дневного стационара, отделение трансплантации гемопоэтических стволовых клеток, отделение хирургии, отделение урологии, отделение кардиохирургии, интервенционной кардиологии и ангиохирургии, отделение неонатологии и хирургии новорожденных, отделение общей педиатрии, отделение пульмонологии, отделение функциональной диагностики, отделение лучевой диагностики и УЗИ, сектор эндоскопии, клинико-диагностическое отделение, клинико-диагностическая лаборатория, операционный блок. Также в НЦПДХ имеется 4 отделения реанимации и интенсивной терапии для различных профилей и высокооснащенная современная лаборатория афереза и контроля гемопоэтических стволовых клеток с отделением трансфузиологии.

            Наиболее полное удовлетворение потребностей населения в медицинской помощи на основе реализации права свободного выбора врача осуществляет консультационно-диагностическое отделение.

            Научный центр педиатрии и хирургии является клинической и обучающей базой для многих клинических кафедр КазНМУ им. С.Д.Асфендиярова, постдипломной подготовки и курсов повышения квалификации врачей. На базе НЦПДХ проводятся курсы переподготовки и повышения квалификации по детской онкологии и гематологии, кардиологии и ревматологии, неонатологии и интенсивной терапии новорожденных, детской пульмонологии, актуальным проблемам педиатрии, лабораторное дело. Центром проводится обучение с выездом во все регионы республики по ранней диагностике онкологических и гематологических заболеваний, детской пульмонологии, неонатологии и интенсивной терапии новорожденных, детской кардиологии, детской ревматологии, заболеваний желудочно-кишечного тракта, кардиохирургии, избранные вопросы лучевой диагностики.   Также на базе НЦПДХ осуществляется подготовка резидентов по специальности «Педиатрия», «Детская хирургия», «Онкология и гематология детская».

            С внедрением интервенционной кардиохирургии, обеспечивается выполнение операций с минимальным травматизмом, улучшились результаты вмешательств, увеличилось продолжительность и качество жизни, снижением инвалидность детей.
Широко используются новые информационные технологии в оказания медицинской помощи – на протяжении нескольких лет успешно используются возможности телемедицины, позволяющие специалистам клиники проводить телеконференции с лечебно-профилактическими учреждениями в нашей стране и за рубежом, дистанционно участвовать в консультировании пациентов, организовывать телелектории в рамках программ повышения квалификации врачей из регионов. Рост бюджетного финансирования дает возможность значительно улучшать не только материально-техническую базу, но и обучать специалистов за рубежом, внедрять высокие технологии диагностики и лечения сложных патологий.