Педиатрия және балалар хирургиясы ғылыми орталығы жақын және алыс шетелдердің   клиникаларымен, орталықтарымен және қоғамдық ұйымдарымен ынтымақтастық байланыста. Атап айтқанда:

• «Шаритэ» университеттік медициналық кешенімен (Берлин қ., Германия);
• Ресей Денсаулық сақтау министрлігінің Д.Рогачев атындағы балалар гематологиясы, онкологиясы және иммунологиясы федералдық ғылыми-клиникалық орталығымен (Мәскеу қ.);
• Украина Денсаулық сақтау министрлігінің Балалар кардиологиясы мен кардиохирургиясы ғылыми-практикалық медицина орталығымен (Киев қ.);
• Әлемнің түркітілдес елдерінің Ұлттық педиатриялық қоғамы одағы;
• РМҒА А.Н.Бакулев атындағы жүрек-қантамыр хирургиясы ғылыми-зерттеу институтымен (Мәскеу қ.Ресей);
• РМҒА Балалар денсаулығы ғылыми орталығымен (Мәскеу қ., Ресей);
• Нәрестелер реанимациясы және хирургиясы орталығымен, №1 ҚБА (Санкт-Петербор қ. Ресей);
• Кардиохирургиялық орталығымен (Аджи-Баден қ. Түркия);
• Академик Е.Н.Мешалкин атындағы Новосібір қан айналым патологиясы ғылыми-зерттеу институтымен (Ресей);
• РМҒА «Кардиология ҒЗИ» Сібір бөлімшесімен (Томск қ., Ресей);
• Балалар онкологиясы, гематология және иммунология ғылыми-практикалық орталығымен (Минск қ., Беларусь республикасы);
• Ағзалар мен тіндердің трансплантациясы ғылыми-практикалық орталығымен (Минск қ., Беларусь республикасы);
• HaeudaePaek hospital, РusanPaek Hospital (Оңтүстік Корея);
• Иммуногистохимиялық зертханамен, (Киль қ. Германия)    
• «КЭР-Германия» қайырымдылық ұйымымен;
• Мотол университеттік клиникасымен (Прага қ. Чехия);
• Р.М.Горбачева атындағы балалар гематологиясы және трансплантологиясы институтымен (Санкт-Петербор қ., Ресей).