Педиатрия және балалар хирургиясы ғылыми орталығы жақын және алыс шетелдердің   клиникаларымен, орталықтарымен және қоғамдық ұйымдарымен ынтымақтастық байланыста:

• «St. Jude Childrens» ғылыми-зерттеу медициналық мекемесі, АҚШ, Теннесси;
• Республикалық мамандандырылған педиатрия ғылыми-практикалық медициналық орталығы, Өзбекстан;
• Гематология және қан құю ғылыми-зерттеу институты, Өзбекстан;
• Республикалық педиатрия және балалар хирургиясы ғылыми-клиникалық орталығы мемлекеттік мекемесі, Тәжікстан;
• «Тәжікстанның медициналық-әлеуметтік институты» мемлекеттік емес оқу орны, Тәжікстан;
• «Семей медицина университеті» ҰАҚ;
• «Қарағанды медициналық университеті» ҰАҚ;
• Ресей Денсаулық сақтау министрлігінің Д.Рогачев атындағы балалар гематологиясы, онкологиясы және иммунологиясы Ұлттық медициналық ғылыми-зерттеу орталығы (Мәскеу қ.);
• Ресей Федерациясы Денсаулық сақтау министрлігінің «Балалар денсаулығының ұлттық медициналық ғылыми орталығы»;
• Самарқанд мемлекеттік медицина университетінің мамандандырылған балалар хирургиясы клиникасы, Өзбекстан;
• Қырғыз Республикасы Денсаулық сақтау министрлігінің Ана мен бала ұлттық орталығы, Қырғызстан;
• РФ Денсаулық сақтау министрлігінің «Н.Н.Блохин атындағы Ұлттық медициналық онкология ғылыми орталығы» Федералдық мемлекеттік бюджеттік мекемесі.